Komplikasjoner forekommer sjelden. Litt blodsiv fra nesen er normalt de første 12 dagene etter operasjonen. 1 av 100 pasienter kan få større blødninger, og det er da viktig at det tas direkte kontakt med nødnummer 113.
Infeksjon kan forekomme hos ca. 2-5 % av pasientene, og da kjennes dette gjerne som en akutt bihulebetennelse. Symptomer på infeksjon kan være økende smerte, hevelse og feber.
Svært sjelden (1 av 1000) kan det oppstå synsforstyrrelse eller skade på øyet i forbindelse med operasjonen. På grunn av at bihulene ligger svært nær hjernen, kan det forekomme lekkasje av hjernevæske (1 av 200-500). Hvis det skulle skje, må det opereres på nytt for å lukke lekkasjen.