Kirurgisk behandling vil være å fjerne hele tykktarmen og endetarmen. Deretter blir tynntarmen koblet til endetarmsåpningen. Operasjonen blir gjort i en eller flere seanser. I perioden mellom operasjonene vil pasienten få stomi (utlagt tarm).
Total kolektomi med ileostomi
Dette kan være et godt alternativ for pasienter med alvorlig sykdom og lite krefter. De vil da kunne oppleve å få en solid opptur, de får kreftene tilbake og på denne måten kan de bedre tåle en ny operasjon senere.
Inngrepet innebærer fjerning av hele tykktarmen med etablering av en tynntarmstomi. Dette er som regel første seanse. Senere vil en fjerne endetarmen og lage tynntarmsreservoar.
Proktokolektomi med ileostomi
Under dette inngrepet fjerner en tykk- og endetarmen, og anlegger stomi. Her blir alt gjort i same operasjon og en kan lage reservoaret klart, men det vil fortsatt være nødvendig med en midlertidig stomi slik at avføringen blir ført bort og ikke forstyrrer tilhelningen av reservoaret til endetarmsåpningen. Den utlagte tarmen vil senere kunne bli lagt tilbake.
Bekkenreservoar (ileo-analanastomose)
Denne operasjonsmetoden er i dag førstevalget ved ulcerøs kolitt. Nederste del av tynntarmen blir brukt til å lage et reservoar som blir koplet til endetarmsåpningen med bevaring av lukkemuskelen. På denne måten får pasienten kontinuitet i fordøyelseskanalen.
Dette er siste seanse av operasjonen. Ikke alle pasienter tåler eller ønsker flere store operasjoner, for disse pasientene vil en varig stomi være ei god løsning.